A CAP afirma-se como uma organização sócio-profissional agrícola, que agrupa mais de três centenas de organizações, as quais se traduzem em federações, adegas, associações regionais (correspondentes às principais zonas agrícolas de Portugal), associações especializadas por sector técnico, e cooperativas. Com todas as suas filiadas mantém contactos permanentes sob a forma de reuniões regionais, nacionais ou plenárias, auscultando os problemas e as necessidades da agricultura nacional e encaminhando os mesmos para análises técnicas, estudos especializados ou estratégias a adoptar. Defender os interesses da agricultura portuguesa em Portugal e no estrangeiro, salvaguardando sempre a componente económica da actividade, são os objectivos da CAP, na defesa de uma vida digna e de qualidade para todos os agricultores que desejam continuar a sua actividade.
Trabalha no sentido de alertar e empenhar o Governo na concretização de infra-estruturas essenciais, defendendo uma política agrícola que respeite a integração de Portugal na União Europeia e uma saudável e correcta participação no mercado único. A CAP tem assumido, sobretudo desde a Adesão à União Europeia (1986), a representação de Portugal junto da Comissão Europeia em Bruxelas (onde instalou uma delegação permanente), e a participação em todos os Comités Agrícolas e no Conselho Económico e Social.
A CAP estava consciente de que estas responsabilidades só poderiam ser alcançadas em plano de igualdade com os outros Estados-membros, se fosse capaz de garantir a constituição de um forte departamento técnico e a participação e empenhamento de especialistas em economia agrária. Como representante do associativismo sócio-profissional agrícola, a CAP tem por direito próprio o reconhecimento dos diversos Governos de Portugal, o estatuto de parceiro social no Conselho Económico e Social - Comissão Permanente de Concertação Social, órgãos próprios de debate e análise entre Governo, sSindicatos e entidades patronais das mais importantes decisões em política económica e social.
Ao nível internacional a CAP está representada no COPA (Comité das Organizações Pprofissionais), no GEOPA (Grupo dos Empregadores das Organizações Profissionais Agrícolas), na USSE (União dos Silvicultores do Sul da Europa), na CEPF (Confederação Europeia dos Proprietários Florestais), na FIPA (Federação Internacional dos Produtores Agrícolas), no CESE (Comité Económico e Social Europeu) e na Comissão Europeia através dos seus grupos consultivos agrícolas da Direcção Geral de Agricultura e nos Comités Consultivos da Política Social e de Formação Profissional da Direcção Geral do Emprego e dos Assuntos Sociais e das Relações Industriais. Dos vários serviços técnicos especializados prestados pela CAP aos agricultores destaca-se a formação profissional, para cuja actividade já dispõe de três Centros de Formação Agrícola; e a ajuda directa às explorações agrícolas, para o que estabeleceu uma rede de 15 Centros de Informação Rural, abrangendo todo o país. A sede da Confederação dos Agricultores de Portugal situa-se em Lisboa, mas tanto as suas filiadas regionais e especializadas como os Centros de Informação Rural garantem a descentralização e a divulgação dos serviços, tanto no continente como nos arquipélagos da Madeira e dos Açores. A estrutura interna da CAP emana das decisões da Assembleia Geral, que elege uma Direcção Plenária de dez membros e uma Direcção Executiva de sete membros (presidente e seis vice-presidentes).
